تقع  كنيسة كفر برعم في وسط القرية تقريبـًا وعند  أعلى نقطة في فيها على ارتفاع  752 م فوق سطح البحر، وتدعى كنيسة السيدة - السيدة العذراء- سيدة الانتقال. يقوم المبنى الحالي للكنيسة فوق مبنى أكثر قدمـًا، ويسود الاعتقاد بأنه قد تهدّم خلال هزة أرضية حدثت في الأول من كانون الثاني 1837. وقد تمّ ترميم مبنى الكنيسة  في سنة 1926 م،  حيث تم تغيير السقف الخشبي وجعله من الباطون، وكذلك تمّ  بناء قبـّة في وسط السطح محمولة على أربعة أعمدة هي جزء  أساسي في ارتكاز سطح الباطون، كذلك تمت إقامة  "العـَقدة" الخارجية عند المدخل الغربي للكنيسة وهي التي تحمل جرسيّة  الكنيسة، أي الجزء المرتفع من المبنى والذي يحمل جرس الكنيسة.

تعرض مبنى الكنيسة للضرر عندما قام الجيش الإسرائيلي بتفجير وتدمير بيوت كفر برعم في 9/1953/ 17-16، فقد تضرر الحائط الشرقي للكنيسة، وتعرضت أبوابها للضرر أيضا، وقد قامت الدوائر الحكومية المسئولة بإصلاح الضرر الحاصل، فتمّت إقامة حائط خارجي من الباطون لدعم الحائط الشرقي الذي تضرر.

بالإضافة إلى ذلك ما زال أبناء كفر برعم يهتمون بصيانة وترميم ما هو بحاجة داخل الكنيسة وخارجها منذ 1972.

في 1956 دُفن جثمان الكاهن الأب الياس ابراهيم سوسان داخل الكنيسة، وفي 1987 دُفن فيها جثمان الكاهن الأب يوسف اسط فان سوسان. أما العدد المعروف للآباء الذين خدموا كنيسة ورعيّة كفر برعم فقد بلغ ثمانية، وقد دُفن سبعة منهم داخل الكنيسة، وهم الآباء الراقدين فيها: الأب أندراوس أبو فارس، الأب الياس يوسف ريشا، الأب منصور عاصي، الأب موسى الياس سوسان، الأب يوسف داود ريشا، الأب الياس ابراهيم سوسان والأب يوسف اسطفان سوسان. بينما خادم الكنيسة المرحوم الأب يوسف الياس (أبو فريد) وهو الوحيد الذي لم يدفن فيها بل مات ودفن في لبنان.

منذ 1972 قام المهجرون بصيانة الكنيسة وترميم ما هو بحاجة إلى ترميم، وقد تم في سنة 1998 ربط الكنيسة بشركة الكهرباء القطرية. أما الجرس الحالي في أعلى الكنيسة فقد قدّمه سنة 1975 هدية أبناء كفر برعم المهجرين في لبنان. بعد أن سُرق الجرس الأصلي في بداية الخمسينات، وحتى الآن لا يُعرف أين يوجد الجرس الأصلي.